La Guía espiritual fue denunciada por el cardenal D'Estrées, embajador en Roma del rey de Francia Luis XIV y ex amigo personal de Miguel de Molinos. Tras la denuncia Molinos fue apresado junto con algunos de sus discípulos el 18 de julio de 1685, procesado «por inmoralidad y heterodoxia» y condenado en 1687 a reclusión perpetua, siempre vestido con un hábito penitencial, tenía que recitar el Credo y un tercio del Rosario, y confesarse cuatro veces al año.