La peregrinación de Bayoán empieza con un viaje por el Caribe. Bayoán, el protagonista, marcha de Puerto Rico rumbo a Europa y describe los archipiélagos cercanos a Cuba y su llegada a La Habana. En Cuba Bayoán se enamora de Marién en una suerte de alegoría de la unión de las Antillas españolas. Desde el prólogo Eugenio María de Hostos hace evidente el plan de su obra: